Conform traditiei populare, s-ar fi nascut în anul 1437 (alte date - 1433, 1435, 1439 si chiar 1441/42 ), în satul Borzesti de pe rîul Trotus, unde si-a petrecut si copilaria, aflîndu-se în grija afectuoasa a mamei, Oltea Doamna, cunoscuta si ca Maria-Oltea, fiica de mari boieri munteni. Era fiul lui Bogdan al II-lea si nepot al lui Alexandru cel Bun, din familia domneasca a Musatinilor (sau Musatestilor), întemeiata de Margareta-Musata, mama lui Petru I (1374-1392). Musatinii erau înruditi cu neamul Basarabilor, care a dat un sir de domni Munteniei: Mircea cel Batrîn, Vlad Dracul, Vlad Tepes. Alexandru cel Bun si Stefan cel Mare ramîn cei mai remarcabili reprezentanti ai dinastiei Musatinilor, din care au iesit mai multi domnitori si alte figuri importante pentru politica si cultura noastra. Primejduit de fratii sai, tatal, Bogdan al II-lea se refugiaza în Tara Româneasca. Este ajutat de Iancu de Hunedoara (1449-1451), cel mai însemnat voievod român al Transilvaniei, sa ocupe tronul Moldovei. La doua lupte pentru tron ale parintelui participa si Stefan, astea fiindu-i si primele lectii de arta militara. Dupa ce tatal îi este omorît miseleste (octombrie 1451), tînarul Stefan ia drumul pribegiei ca sa ajunga si el la curtea lui Iancu de Hunedoara. Împreuna cu varul sau Vlad (Tepes) se maturizeaza sub obladuirea lui Iancu si ambii, Stefan si Vlad, se pregatesc sa ia domnia principatelor de origine - Moldova, respectiv Muntenia.